アシタカは森の精霊コダマに導かれシシ神の森を通り、タタラ場へ向かった。 途中、金色に輝く鹿野ような生き物に会った時、アシタカの腕の痣が激しく反応した。 この生き物こそ森の神「シシ神」だった。

やがてタタラ場に到着したアシタカは、女頭領エボシ御前(田中祐子)に客人として迎えられた。 彼女は売られた女たちや虐げられた男たちを集め、人間中心の社会を作りながら鉄を打っていた。 エボシ御前は人間が生きるために森を拓き、それに対し神々は自分たちが生きるために森を守ろうとしていた。 どちらの味方につくべきか迷うアシタカ。

齢500年の老猪、乙事主(森繁久彌)は森を切り拓く人間との争いに決着をつけようとシシ神の森にやってきた。 一方ジコ坊はエボシと組んで正体不明の一団を使い、不老不死の力があるというシシ神の首を奪う準備を進めていた。 そんな最中、アシタカは人間につくべきか、荒ぶる神々につくべきか、なお迷っていた。 「森と人が争わずにすむ道はないのか、本当にもう止められないのか」と。