シリーズ史上最悪の事件発生！ 闇に潜む見えない犯人に、 コナンの推理が挑む！
	＜ボイスキャスト＞ 　江戸川コナン：高山みなみ 　毛利欄：山崎和佳奈 　毛利小五郎：神谷明
	＜原作＞ 　青山剛昌
	＜監督＞ 　こだま兼嗣

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週刊少年サンデー、テレビシリーズともに圧倒的な人気を誇る「名探偵コナン」。 97年のスタート以来、ゴールデンウィークの定番となった劇場版シリーズは、作品を重ねるごとに最高の賞賛と実績を残しつづけている。 そして、新たな時代・2000年の幕開けに放たれるのが最新作「瞳の中の暗殺者」だ。《推理とサスペンス》―コナンシリーズが最も支持を受ける2つのポイントに最大限の可能性を求め、一時も目が離せないストーリーとトリックの数々でシリーズ最高のクオリティーを目指す！―君は、史上最悪の真犯人を見つけ出すことが出来るか!?

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STORY
警察官が連続して殺されるという凶悪事件が発生した。 　凶悪テロ、あるいは過激派の犯行なのか！殺された二人は、いずれも警察手帳をにぎりしめていた・・・ 　この殺人事件に遭遇したコナンは小五郎と共に、警視庁の目暮警部、白鳥刑事に事件のことを聞き出そうとするが、いつも友好的な彼らは今回に限り、一切何も語ろうとしない。さらに食い下がる小五郎に対して白鳥は言った。 　　“Need not to know.”（知る必要のないこと。） 　これは警察内部で使われる用語で、事件が警察内部にかかわることを意味する・・・。 　「これは完全犯罪なのか!?」 　警視庁からの情報がない中、巨大組織に潜む凶悪犯罪が次々におこる。 　そしてついに、欄の命までもが何者かに狙われる！